Ａ市に本店を置き、Ｂ市に支店を置く株式会社ＸがＢ市の支店所在地に本店を移転して、同時にＢ市の支店を廃止する場合、次の２通りの申請が考えられます。

  1. Ａ市を管轄する法務局に本店移転の登記を申請し、Ｂ市を管轄する法務局での本店移転の登記完了後、Ｂ市を管轄する法務局に支店廃止の登記を申請する。
  2. Ａ市を管轄する法務局に支店廃止の登記を申請し、Ｂ市を管轄する法務局での支店廃止の登記完了後、Ａ市を管轄する法務局に本店移転の登記を申請する。

一見すると本店移転が先か、支店の廃止が先かだけの違いのように思われますが、申請の際に収める登録免許税に違いが生じます。前者の場合、登録免許税は９万円（内訳：本店移転２箇所で６万円、支店廃止で３万円）ですが、後者の場合、９万９，０００円（内訳：支店廃止で３万円、支店登記で９，０００円、本店移転２箇所で６万円）となります。登記完了後、Ｂ市が本店となりＢ市の支店が廃止されるという結果は同じですが、申請の順番で登録免許税が変わってしまいます。